Huolimatta siitä, että paavi Francisci vaikuttaa erittäin myönteisesti katoliseen kirkkoon, sen historiassa ei ollut vain valkoisia, vaan myös mustia raitoja. Tässä on kymmenen parasta skandaalia, jotka puhkesivat Vatikaanissa, salaisista materiaaleista kuolleen ruumiin oikeudenkäyntiin.
- Johannes XII valittiin Pyhän istuimen perilliseksi 18-vuotiaana. Pian hänen nimensä ukkosi koko maailmaan: nuori pontiffi herätti useaan otteeseen yleisön huomion henkilökohtaisen elämänsä takia, josta hän oli paljon kiinnostunut kuin kirkon asioista. Johnia vastaan esitettyjen syytteiden luettelo sisälsi lausekkeen, jonka mukaan nuori paavi kutsui demonit, tappoi ja kidutti ihmisiä ja pelasi myös usein rahapelejä. Jotkut historioitsijat väittävät, että Johannes XII: llä oli monia juonteita naimisissa olevien naisten kanssa. Hänen paavuutensa päättyi vuonna 964, kun hän kuoli sydänkohtaukseen, jonka väitettiin viettävän aikaa yhden rakastajatarinsa kanssa.
- Vaikuttaa siltä, että 1470-luvulla paavi Sixtus IV ”kypsyi” kaikkialle. Hänellä oli kuusi laittomia lapsia, joista yksi syntyi hänen suhteen sisareensa. On syytä huomata, että ponttalla oli omat periaatteensa. Hän toi kirkolle paljon rahaa keräämällä veroja prostituoituilta. Lisäksi Sixtus IV määräsi papit maksamaan rahaa emäntäoikeudesta. Paavi kuitenkin pystyi kirjoittamaan nimensä historiaan paitsi kiireisen henkilökohtaisen elämänsä vuoksi: Sikstuksen kappeli (Cappella Sistina) nimettiin hänen mukaansa.
- Paavi Stephen VI kirjoitti kirjassaan, että kosto on erityisen makea kuoleman jälkeen. Ehkä siksi hän vaati, että edeltäjänsä, paavi Formosan ruumis uhrattiin hänelle oikeuden eteen lähettämiseksi. Kuolleen pontiffin ruumiin todettiin syylliseksi moniin rikoksiin, mukaan lukien hänen tapansa esitellä itsensä arkkipiispana tämän väärinkäytön jälkeen. Paavi Stephen kärsi kuitenkin myös vaikeata kohtaloaan: hänet pidätettiin ja heitettiin vankilaan, missä hän kuoli vuonna 897.
- Huolimatta katolisen kirkon salaisia asiakirjoja koskevasta skandaalista vuodosta vuonna 2012, Vatikaanin salaiset asiakirjat joutuivat ensimmäistä kertaa yleisön käsiin vuonna 1869, kun saksalainen julkaisu julkaisi paavi Pius IX: n neuvottelut virkamiesten kanssa, missä keskusteli rationalismin, liberalismin ja materialismin vaikutuksista.
- Yksi suurimmista skandaaleista puhkesi Vatikaanissa vuonna 2010, heittäen varjo Benedictus XVI: n pappeuden aikaan. Neljä vuotta sitten toimittajat saivat selville, että paavin avustaja Angelo Balducci ja Pietarinkirkon kuoron jäsen Chinedu Thomas Ehiem olivat mukana miesten prostituutiojärjestelmässä. Poliisi osoitti Balduccin osallistumisen tapaukseen, kun hän näytti Eichemin, joka oli mukana toimittamassa nuoria suoraan virkamiehelle. Tutkijat ovat tällä hetkellä varmoja siitä, että kooristi järjesti Balduille ainakin 10 tapaamista nuorten kanssa, mukaan lukien malli-kaveri ja rugby-pelaaja.
- Vatikaanin 2013 alussa Vatikaanilla oli vakavia taloudellisia ongelmia, kun Italian keskuspankki lopetti Vatikaanissa olevien pankkiautomaattien tarjoamisen, koska viranomaiset eivät noudattaneet kaikkia sääntöjä, joilla pyritään estämään rahanpesu. Kyvyttömyys käyttää muovikortteja maksoi Vatikaanille noin 3 tuhatta euroa päivässä 12 päivään helmikuuta saakka, jolloin sveitsiläinen pankki suostui turvaamaan tyhjäkäyttöisten pankkiautomaattien vakaan toiminnan.
- Entinen kirjanpitoosaston päällikkö Nunzio Sczrano pidätettiin 28. kesäkuuta 2013 yhdessä kahden avunantajansa, entisen vakoojan ja rahoittajan kanssa. Hänet esiteltiin salakuljetuskustannukset 20 miljoonaa euroajonka hän kantoi yksityisellä suihkukoneella. Myöhemmin virkamiehen lakimies selitti, että seurakunta kieltäytyi tunnustamasta syyllisyyttään. Tämä skandaali pakotti Vatikaanin pankin presidentin ja hänen sijaisensa eroamaan.
- 19. heinäkuuta 1982 Roberto Calvin ruumis, joka tunnetaan myös nimellä ”Jumalan pankkiiri”, löydettiin Blackfriars-sillasta. Milanon keskuspankin Ambrosianon (jossa Vatikaani on pääomistaja) puheenjohtaja syytetään erityisen suurten summien laittomasta viennistä ulkomaille. Mies lensi Lontooseen, missä hänet tapettiin, ja tuolloin Yhdysvaltain arkkipiispa, joka oli mukana myös Calvin tapauksessa, sai koskemattomuuden.
- Katolinen papisto syytetään pedofiliasta, pidätettiin kunnianloukkauksesta ilmoitettuaan, että homoprostituutio kukoistaa Vatikaanissa. Patricio Poggi pidätettiin sen jälkeen, kun tutkijat epäilivät valheistaan lausunnoissaan. Podgy väitti aiemmin, että entinen poliisi oli vastuussa homojen etsinnästä.
- Paavi Benedictin ”oikea käsi” Paolo Gabriele pidätettiin 23. toukokuuta 2012 Vatikaanin luottamuksellisten asiakirjojen toimittamisesta italialaiselle toimittajalle Gianluigi Nuzzille. Hän kiirehti paljastamaan korruption olemassaolo Vatikaanin muurien sisälläja Gabriele rangaisti varastamisesta. Lokakuussa 2012 hänelle tuomittiin 18 kuukauden ajan kotiarestia.